SAGO-Erklärung zu neu veröffentlichten SARS-CoV-2-Metagenomikdaten

DMZ – MEDIZIN ¦ Markus Golla ¦                                          

SAGO-Erklärung zu neu veröffentlichten SARS-CoV-2-Metagenomikdaten von China CDC auf GISAID

Am 12. März 2023 wurde die WHO auf neue SARS-CoV-2-Sequenzen und Metagenomdaten im Zusammenhang mit Proben aufmerksam gemacht, die ab Januar 2020 auf dem Huanan Seafood Wholesale Market, Wuhan, China, gesammelt wurden und für kurze Zeit auf GISAID verfügbar wurden.

Die Daten waren anschließend von einer Reihe von Forschern aus mehreren Ländern heruntergeladen worden. Der Zugriff wurde kurz darauf eingeschränkt, offenbar um weitere Datenaktualisierungen durch China CDC zu ermöglichen. Die WHO wandte sich daraufhin umgehend an die China CDC sowie an den Vorsitzenden und den stellvertretenden Vorsitzenden von SAGO. Bei Diskussionen zwischen der WHO und chinesischen Kollegen wurde erklärt, dass die genomischen Daten die Grundlage für eine erwartete Aktualisierung der bestehenden Liu et al. 2022 Preprint (1), der gerade von China CDC erneut zur Veröffentlichung bei Nature eingereicht wird.

Nach Gesprächen mit dem WHO-Sekretariat und dem SAGO-Vorsitzenden und stellvertretenden Vorsitzenden wurde am 12. März ein Anruf mit den beteiligten Wissenschaftlern der China CDC und einigen derjenigen, die auf die Daten von GISAID zugegriffen hatten, vereinbart, um die Bedeutung dieser Daten abzuschätzen und die Analysen dieser Daten. Die WHO organisierte daraufhin am 14. März 2023 ein Treffen mit allen SAGO-Mitgliedern und lud Forscher der China CDC ein, die aktualisierte Analyse ihrer Daten vorzustellen. WHO und SAGO luden auch die Forscher, die die WHO darüber informiert hatten, dass sie auf Daten von GISAID zugegriffen hatten, ein, ihre Analyse der vorübergehend freigegebenen Sequenzen vorzustellen.

Die Präsentationen von China CDC und eingeladenen internationalen Forschern zeigten, dass es neu verfügbare Daten vom Großhandelsmarkt für Meeresfrüchte in Huanan gab. Dazu gehörten metagenomische Daten von Umweltproben aus verschiedenen Ställen und Abwassersammelstellen, die bereits im Januar 2020 gesammelt wurden. Analysen dieser Daten legen nahe, dass einige Proben neben SARS-CoV-2-Sequenzen auch menschliche DNA sowie mitochondriale DNA von mehreren enthielten Tierarten, einschließlich einiger, von denen bekannt ist, dass sie für SARS-CoV-2 anfällig sind. Dazu gehörte unter anderem DNA von wilden Marderhunden, malaysischen Stachelschweinen und Bambusratten in SARS-CoV-2-positiven Umweltproben.

Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass Tiere kurz vor der Räumung des Marktes am 1. Januar 2020 im Rahmen der Maßnahmen der chinesischen Behörden im Bereich der öffentlichen Gesundheit auf dem Markt waren. Diese Ergebnisse liefern potenzielle Hinweise zur Identifizierung von Zwischenwirten von SARS-CoV-2 und potenziellen Quellen menschlicher Infektionen auf dem Markt.

Laut dem Vorabdruck der chinesischen Autoren (Liu et al. 2022) von 1380 Proben, die Anfang 2020 aus der Umwelt und von Tieren auf dem Markt gesammelt wurden, wurden 73/923 Umweltproben positiv auf SARS-CoV-2-spezifische RT-qPCR getestet , von verschiedenen Ständen und Abwassersystemen in und um den Markt herum, aber kein Virus wurde in 457 getesteten Tierproben nachgewiesen. Die Tierproben umfassten Tierkörper, gefrorene Tierkadaver und Tierprodukte sowie streunende Tiere auf dem Markt und deckten 18 Arten ab. Marderhunde gehörten laut Vorabdruck nicht zu den getesteten Tieren. Das Vorhandensein hoher Mengen an mitochondrialer DNA von Marderhunden in den Metagenomdaten von Umweltproben, die in der neuen Analyse identifiziert wurden, deutet jedoch darauf hin, dass Marderhunde und andere Tiere vorhanden gewesen sein könnten, bevor der Markt im Rahmen der öffentlichen Gesundheitsintervention gesäubert wurde.

Es wurden historische fotografische Beweise vorgelegt, die zeigen, dass Marderhunde und andere Tiere in der Vergangenheit an diesen speziellen Ständen verkauft wurden. Obwohl dies keinen schlüssigen Beweis für den Zwischenwirt oder die Herkunft des Virus liefert, liefern die Daten weitere Beweise für das Vorhandensein empfänglicher Tiere auf dem Markt, die eine Quelle menschlicher Infektionen gewesen sein könnten.

SAGO wird weiterhin alle wissenschaftlichen Daten auswerten, die von chinesischen und anderen Forschern aus der ganzen Welt geteilt werden. SAGO ermutigt, alle Daten im Zusammenhang mit der Untersuchung der Ursprünge von SARS-CoV-2 unverzüglich für eine solide und umfassende Überprüfung zur Verfügung zu stellen.

Wie im vorläufigen Bericht von SAGO (2) erwähnt, empfiehlt SAGO Forschern in China dringend, die vorgelagerten Quellen der Tiere und tierischen Produkte auf dem Huanan-Markt kurz vor seiner Schließung und Entfernung aller tierischen Produkte am 1. Januar 2020 zu untersuchen.

Darüber hinaus möchte SAGO dazu ermutigen, alle verfügbaren Sequenzierungs- und Metagenomdaten auf GISAID oder einer anderen Sequenzdatenbank zu veröffentlichen, und die in Prüfung befindlichen Vorabdrucke so schnell wie möglich zu teilen, damit die wissenschaftliche Gemeinschaft dies hat Gelegenheit, diese weiter zu analysieren. Darüber hinaus ermutigt SAGO Forscher, die diese Daten verwenden, mit chinesischen Forschern zusammenzuarbeiten und sich mit ihnen zu beschäftigen. WHO und SAGO freuen sich, diese Kooperationen zu erleichtern.

(1) Liu et al, 2022. Surveillance of SARS-CoV-2 in the environment and animal samples of the 2 Huanan Seafood Market, Available: https://www.researchsquare.com/article/rs-1370392/v1

(2) Preliminary Report for the Scientific Advisory Group for the Origins of Novel Pathogens (SAGO) June 2022, Available: https://www.who.int/publications/m/item/scientific-advisory-group-on-the-origins-of-novel-pathogens-report